O complexo cafeeiro enfrentou a crise de 1929 e sofreu as consequências da precariedade do sistema econômico, baseado na monocultura, e enfrentou grave crise no comércio.

A partir daí, ocorreram mudanças políticas e econômicas: a primeira fase da República foi rompida com redefinição do papel do estado, nova forma de crescimento econômico e novo padrão de acumulação.

Em 1930, João Punaro Bley assumiu como governador, reduzindo drasticamente o orçamento estatal. Mesmo assim, conseguiu priorizar as áreas de saúde e educação e, ainda, reformar o aparelho do Estado. Como tentativa de estabilização da economia, adotou a diversificação da agricultura e estimulou o desenvolvimento da pecuária.

A Junta sofria com a falta de pessoal, havia milhares de processos pendentes, além dos livros de registros estarem em péssimo estado de conservação. Em 1948 foi pedido ao Governador Carlos Lindenberg que elaborasse um projeto de lei que objetivasse a sua remodelação e o reajuste de seus emolumentos.

A partir de então, a entidade sofreu intensa reformulação interna. Dentre elas, a criação de um fichário especial, com o intuito de fornecer informações rápidas e eficientes sobre a situação comercial e industrial do Estado.

Em 1950, Vitória começava a expandir para a região hoje da Praia do Canto, Jardim da Penha e adjacências. Nascia um novo modelo de urbanização, concebido pelo engenheiro sanitarista Saturnino Brito.

O governador Jones dos Santos Neves assumiu seu segundo mandato em 1951. Visionário, concebeu o "Plano de Valorização Econômica do Estado", baseado em "saneamento, produção e transportes". Ampliou o porto de Vitória e criou a Espírito Santo Centrais Elétricas (Escelsa) e a Universidade Federal do Espírito Santo (Ufes).

A Junta Comercial, acompanhando esse despertar econômico e logístico, continuou com processo de modernização, porém, de forma lenta, em função da escassez de recursos financeiros. Havia a necessidade de aumentar o contingente de funcionários da Junta, para que as finanças evoluíssem.

A lei federal № 4.048,de 1961 marcou o início da interação entre a Junta Comercial e a Administração Nacional, com a criação do Departamento Nacional de Registro do Comércio (DNRC).

Pela Lei 2.297, de 19 de julho de 1967, a Junta teve seu funcionamento e sua organização interna completamente reestruturados. Novos cargos foram criados. Além do presidente, haveria o plenário (órgão de liberativo superior), as turmas (órgão de liberativo inferior), a Secretaria Geral (órgão administrativo), a Procuradoria Regional (órgão fiscalizador e de assessoramento jurídico) e a Assessoria Técnica (órgão preparador dos processos).

Transformada em autarquia, com personalidade jurídica e jurisdição em todo o Estado, a Junta estava subordinada administrativamente à Secretaria Estadual de Indústria e Comércio, e, tecnicamente, a órgãos e a autoridades do Ministério da Industria e Comércio.

O regime autárquico proporcionou mais autonomia administrativa, financeira, patrimonial e de funcionamento. Tanto o presidente quanto o seu vice, outra novidade da Lei, não seriam mais indicados diretamente pelo governador.

Após anos acomodada precariamente na rua do Comércio, em 1963, a sede foi transferida para rua Wilson Freitas, onde permaneceu até 1970. A Junta adquiriu, então, como sede própria o 3° andar do Edifício Portugal, à rua General Osório, importante localização na época.

No início dos anos 70, as atividades se expandiram para o interior, com órgãos representativos em Cachoeiro de ltapemirim e Colatina. Em 1978, foi a vez de São Mateus e Linhares.

Como Decreto № 2.668, de 22 de junho de 1988 o corpo normativo é remodelado e a Junta passa a ter a denominação JUCEES - Junta Comercial do Estado do Espírito Santo.

Por iniciativa da União, a campanha nacional de racionalização e uniformização do funcionamento das Juntas Comerciais foi criada. E, na década de 90, a Jucees conquista vários prêmios de qualidade em gestão.

Na década de 90, a autarquia ganha nova sede - essa com amplas dependências, na Avenida Nossa Senhora da Penha e adquirida com recursos próprios.

Obra do famoso arquiteto cachoeirense Bebeto Vivácqua, o projeto é um dos marcos arquitetônicos da cidade, ao lado da Prefeitura de Vitória, do Palácio do Café e da Câmara de Vereadores de Vitória.

Com base numa avaliação técnica geral, foi desenvolvido um planejamento estratégico, implementas das ações de capacitação dos servidores e modernizado o sistema de informação. A partir do novo posicionamento e do novo cenário, o atendimento on-line foi implementado com o objetivo de agilizar os processos e organizar a instituição.

Surge a Central Fácil, uma parceria com o Sebrae-ES, Prefeituras da Grande Vitória, Secretaria de Estado da Fazenda; Secretaria da Receita Federal, Corpo de Bombeiros e Conselho Regional de Contabilidade. Por ela, os empresários passaram a dar entrada nos pedidos de abertura de empresa através de um protocolo único, agilizando o registro. Essa medida permitiu que as novas empresas iniciassem suas atividades em apenas quatro dias úteis.

O plano estratégico de modernização da Jucees promoveu uma série de mudanças positivas, destacando-se a reforma do edifício sede, a adequação das instalações para um melhor atendimento ao público, a aquisição de novos mobiliários e equipamentos, a digitalização do acervo da instituição e a padronização de sua identidade visual.

Em 2008, a Jucees completa 100 anos de existência, alcançando mais de 260 mil empresas cadastradas e considerada pela Associação Nacional de Juntas Comerciais (Anprej) uma das mais ágeis do país.

Com a digitalização do acervo, passa a oferecer certidões on-line. A Jucees foi a primeira Junta a ter esse serviço. Instituições públicas passaram a ter acesso ao banco de dados, gerando economia principalmente na quantidade de impressões que caíram mais de 70%.

Parcerias com instituições foram criadas. A primeira culminou com a implantação do Kit Jucees, produto criado junto aos Correios que possibilitava o envio de até um quilo de documentos via sedex com retorno garantido pelo mesmo envelope.

Em 2008, também surgiu o Microempreendedor Individual (MEI), que demandou investimentos específicos. Isso porque, para formalizar sua atividade, os profissionais liberais deveriam ser cadastrados também na Jucees.

A etapa seguinte foi realizada a partir da recente implantação do Registro Mercantil Integrado (Regin), em 2009, sistema em que todo o serviço passa a ser feito via internet.

Outro serviço foi a implementação do contrato eletrônico, pelo qual o empreendedor passou a gerar automaticamente o documento pelo site, em vez de solicitá-lo a um contador.

A Jucees passou a expedir o CNPJ da Receita Federal, e todos os empresários, inclusive os participantes do MEI, puderam obter esse registro sem a necessidade de ir à Receita Federal.

Para dar mais velocidade aos registros, também houve o fortalecimento dos escritórios do interior que chegaram a estar localizados em várias cidades, como São Mateus, Linhares, Colatina, Nova Venécia, e Venda Nova do Imigrante. Aos poucos, com a informatização e centralização de dados pelo sistema, a existência deles deixou de ser uma necessidade. A digitalização de milhares de arquivos, inclusive duplicados, oriundos dos escritórios, havia sido já um dos grandes desafios.

Na época, o tempo para se registrar uma empresa era em média de 90 dias ou mais. Tempo que foi diminuindo, graças às ações de informatização e modernização, para 120 dias, depois 10 dias e hoje se faz no mesmo dia.

Um novo sistema de "via única" foi implantado. Com ele, os atos a serem protocolados na Junta passaram a ser entregues em uma única via. O ato permitiu que quase 45 mil clientes deixassem de passar anualmente pela Jucees, acessando o arquivo pela internet.

Em 2018, A Jucees passa a operacionalizar o sistema do programa do Governo do Estado, o Portal Simplifica-ES, criado para desburocratizar o ambiente de negócios estadual, facilitando o atendimento aos empreendedores e reduzindo o tempo de abertura de empresas. Junto a ele também é criado o Escritório do Empreendedor.

Intuitivo e integrado a diversos órgãos municipais, estaduais e federais, o Portal Simplifica ES permitiu que toda a tramitação referente ao funcionamento de uma empresa, desde a abertura, licenciamentos, alterações e até a sua baixa, aconteça de forma digital, em uma única plataforma, onde também poderão ser obtidas informações necessárias à abertura e alteração de negócios no Estado.

O trabalho de consolidar a Jucees entre as mais rápidas do país deu frutos e a autarquia chegou a ficar entre as três com melhor tempo de abertura de empresas. Se, há dez anos, esse tempo era de 12 dias, a média total chega a 13 horas. Sendo que quase 70% dessas constituições são realizadas em menos de 10 minutos.

Outro objetivo é o de integrar 100% os órgãos de licenciamento ao sistema do Simplifica-ES, viabilizando a entrada única de dados na emissão de licenças e alvarás.

A dispensa de atividades de baixo risco de licenciamento e alvará, promovida pelo Decreto Estadual № 5183-R, de 2022, também trouxe grande impacto para a desburocratização. São 620 atividades econômicas dispensadas, número que deve ser ampliado.

Resultado das ações de desburocratização, do bom momento econômico pelo qual o Estado passa, fato é que os números de aberturas de empresa batem recorde. O primeiro semestre de 2024 foi o melhor em toda a série histórica.